上海交通大学中美物流研究院于2005年10月由上海交通大学与美国佐治亚理工大学联合设立。研究院是上海交通大学直属工程系统管理及物流与供应链领域研究机构和校级学科交叉平台，挂靠安泰经济与管理学院。

研究院美方建设主体为佐治亚理工大学工业与系统工程学院。佐治亚理工大学是美国著名的四大工科大学之一，其工业与系统工程专业(Industrial and System Engineering)在全美连续30年排名第一。旗下供应链与物流研究院(Supply Chain & Logistics Institute, SCLI)是当今世界上最高水平的现代物流研究、高级人才培养和物流咨询服务机构。中方建设主体为安泰经济与管理学院、机械与动力工程学院、船舶海洋与建筑工程学院以及电子信息与电气工程学院等上海交通大学四大优势学院。

研究院成立伊始就得到了国家发改委、交通运输部、上海市人民政府、美国商务部、美国佐治亚州政府等的共同支持。2008年研究院得到董浩云基金会资助，又冠名为董浩云航运与物流研究院。

研究院的宗旨是依托上海交通大学管理科学、机械工程、计算机科学与技术、交通运输工程等优势学科的综合优势，培养国际化、高层次、创新型的高级物流专业人才，打造现代物流科学研究与技术开发的国际化大平台;为推动我国物流业的发展提供智力和科技支持，并成为政府和行业的政策研究和咨询智库。

在工业4.0、智能制造、“中国制造2025”和发展现代服务业等背景下，在物联网、大数据、移动互联网、云技术以及人工智能、区块链等新的信息技术条件下，研究院在保持传统的物流领域优势的同时，向更宽的工程系统管理领域拓展(研究院拟更名为工程系统管理研究院)，在现代物流与供应链、智能制造与服务型制造以及服务工程(含医疗健康服务)等重要领域追踪国际前沿，满足国家和行业重大需求，解决重大工程管理问题，形成一流的研究和应用成果，产生重大行业影响力。

在人才培养方面，研究院早期曾与美国乔治亚理工学院联合培养过5届、共57位ISyE双硕士学位学生。研究院在“管理科学与工程”一级学科下招收与培养“管理科学与工程”、独立招收和培养物流工程与管理专业学位硕士研究生(全日制)与工程管理专业学位硕士研究生(非全日制，双证);并从2020年起在交通运输领域招收和培养物流工程方向工程博士研究生(双证，全日制和非全日制)。先后培养博士和硕士毕业生200多人;毕业生质量优秀，毕业去向主要为国有大中型企业和世界著名企业、党政机 关、出国留学、自主创业。

研究院自2011年开始，在“管理科学与工程”和“自动化”两个博士后流动站招收优秀青年学者从事博士后研究工作，先后有超过20位中外优秀青年学者到站工作，在国家及省部级项目、博士后基金、高水平论文发表、政企问题咨询与研究等多方面取得优异成绩;有9人获得博士基金，2人先后获得中国博士后基金特别资助项目，1人获得国家外专局“外国青年人才引进计划”项目，1人入选“上海交通大学师资储备计划”并留校任教。2人获得上海市超级博士后支持计划(2018、2019);目前在站博士后10名(其中1名印度籍);已出站16名(其中1名意大利籍、1名伊朗籍)。